Kucrietzlophbatman’s Weblog

Just another WordPress.com weblog

Berbagai tipe RNA dan DNA transposon serta jalur transposisi DNA

Posted by kucrietz yuga pada Oktober 9, 2008

Berbagai tipe RNA dan DNA transposon serta jalur transposisi DNA

Nama : Citra Dewi Febriani
NIM : B1J006149
Kelas : A2
Email : kucrietz_1022ak@yahoo.co.id
Blog : http://kucrietzlophbatman.wordpress.com
Jenis Topik : A2-AG12

Ringkasan

Tandemly repeat DNA diperkirakan muncul karena adanya perluasan original sequences, baik melalui replikasi seperti pada mikrosatelit maupun melalui proses rekombinasi DNA. Sedangkan Interspersed repeats muncul melalui mekanisme yang berbeda, yaitu melalui sebuah mekanisme dimana hasil ’copy’ dari unit repeat terlihat dalam genom pada posisi yang jauh dari original sequencesnya. Mekanisme ini sering terjadi melalui transposisi.
Transposisi adalah pergerakan segmen DNA ke posisi yang berbeda dalam genom. Terdapat dua alternatif model transposisi, yaitu transposisi yang melalui RNA intermediet dan transposisi yang tidak melalui RNA intermediet.
Transposisi yang melalui RNA intermediet disebut retrotransposition dan mekanisme dasarnya meliputi:
1. RNA copy dari transposon disintesis melalui proses transkripsi secara normal.
2. RNA hasil transkripsi kemudian dicopy ke DNA. Perubahan dari RNA ke DNA ini berlawanan dengan transkripsi normal, sehingga memerlukan enzim khusus yaitu enzim reverse transkriptase.
3. DNA copy dari transposon bergabung kembali ke dalam genom pada kromosom yang sama dimana unit original berada, namun dapat juga bergabung dengan kromosom yang berbeda.

Mekanisme diatas dapat dilihat pada gambar 1:

Gambar 1. Mekanisme Retrotransposition
Sumber : Figure 2.26 (Brown, 2002)

RNA transposons (retroelement) dapat dikelompokkan menjadi dua yaitu retroelement yang memiliki Long Terminal Repeat (LTR) dan yang tidak memiliki LTR atau retroposons. Type retroelement yang memiliki LTR anatara lain retroviruses, endegenous retroviruses dan retrotransposon. Seadangkan Type retroelement yang tidak memiliki LTR adalah Long Interspered Nuclear Element (LINEs) dan Short Interspered Nuclear Element (SINEs). Perbedaan strukturnya dapat dilihat pada gambar berikut:

Gambar 2. Perbedaan struktur Retroelement. Type retroelement yang memiliki LTR
(retroviruses dan retrotransposons) dengan retroelement tanpa LTR (LINE dan SINE).
Sumber : Figure 2.27 (Brown, 2002)

Tidak semua transposisi membutuhkan RNA intermediete.Banyak gen dapat melakukan transposisi secara langsung dari DNA ke DNA. Transposisi secara langsung ini meliputi dua mekanisme antara lain:
1. Replicative transposition yaitu melalui interaksi langsung antara donor transposons dan sisi target.
2. Conservative transposition yaitu melalui penghilangan elemen transposons diikuti dengan penggabungan kembali pada sisi yang baru.
Mekanisme tersebut dapat dilihat pada gambar berikut :

Gambar 3. Dua Mekanisme Transposisi DNA transposons

Sumber : Figure 2.28 (Brown, 2002).

Seperti RNA transposons, DNA transposons juga memiliki beberapa tipe. Tipe DNA transposons yang umum terdapat pada prokaryotik antara lain :
1. Insertion sequences yaitu DNA transposons yang terdiri dari satu atau dua gen spesifik penyandi enzim transposase yang mengkatalisis transposisi
2. Composite transposons yaitu DNA transposons yang biasanya mengandung gen penyandi resistensi antibiotik. DNA transposons ini menggunakan mekanisme tranposisi conservative.

3. Tn3-type transposons yaitu DNA transposons yang memilki gen transposase sendiri dan biasanya menggunakan transposisi replikatif
4. Transposable transposons yaitu bakteriofag yang memiliki aktifitas transposisi replikatif sebagai bagian dari siklus infeksinya.
Berbagai tipe DNA transposons tersebut dapat dilihat pada gambar berikut :

Gambar 4. Tipe DNA transposons prokaryotik
Sumber : Figure 2.29 (Brown, 2002)

Daftar Pustaka
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.chapter.5449

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.section.5545

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.5555

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.5559

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.5563

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.5567

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.glossary.9089#10090

Diakses tanggal 24 September 2008

Situs terkait
http://jpk.sicau.edu.cn/2008jpk/fzswx/_private/animations/ch11_transposition.swf
[FLASH]

Diakses tanggal 26 September 2008

http://genomed.dlearn.kmu.edu.tw/ch11-2_transposition.swf [FLASH]

Diakses tanggal 13 Oktober 2008

About these ads

Satu Tanggapan to “Berbagai tipe RNA dan DNA transposon serta jalur transposisi DNA”

  1. jack said

    no comment,cuz w sendiri jg ga ngerti,heheheheheheheheheheheheh

Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Logout / Ubah )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Logout / Ubah )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Logout / Ubah )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Logout / Ubah )

Connecting to %s

 
Ikuti

Get every new post delivered to your Inbox.

%d bloggers like this: